과세관청의 증액경정처분으로 증가한 국외원천소득금액을 반영하여 외국납부세액공제액에 대한 경정청구 가능여부

과세관청의 증액경정처분으로 인하여 증가한 해당사업연도의 국외원천소득금액을 반영하여 외국납부세액공제액에 대한 경정청구 가능함

[회신] 과세관청의 증액경정처분으로 인하여 내국법인의 국외원천소득금액이 증가하였을 경우 증가한 해당사업연도의 국외원천소득금액을 반영하여「법인세법」제57조에 따른 외국납부세액공제액을 재산정한 결과 증가한 외국납부세액공제액에 대하여「국세기본법」제45조의2 규정에 따른 경정청구를 할 수 있는 것임 1. 사실관계 ○ ☆☆☆(이하 “질의법인” 이라 함)는 2011․2012 사업연도(이하 “쟁점사업연도” 라 함)의 법인세 신고 시 해외자회사에 제공하는 지급 보증용역과 관련하여 「국제조세조정에 관한 법률」제4조 및 제5 조 등에 따라 - 정상가격 지급보증수수료율 0.2%～0.5%를 적용하여 지급보증수 수료 해당금액을 익금산입하였으나 - 과세관청은 질의법인에 대한 법인제세통합조사를 실시하여 쟁점사업연도의 지급보증용역에 대한 지급보증수수료 율을 0.54%～2.74%를 적용하여 - 질의법인이 신고한 지급보증수수료율과의 차이에 해당하는 금액 을 익금산입하는 경 정처분(이하 “증액경정처분” 이라 함)을 하였음 ○ 과세관청의 증액경정처분으로 인하여 쟁점사업연도의 국외원천 소 득금액이 증가하였으며 이로 인하여 외국납부세액의 공제한도 액이 증가하였음 2. 질의내용 ○ 과세관청의 증액경정처분으로 증가한 국외원천소득금액을 외국 납 부세액의 공제한도 계산시 포함하여 외국납부세액공제에 대한 경 정청구가 가능한지 여부 3. 관련법령 ○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세 표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다 . 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날 (처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날) 부터 90일 이내 (법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다) 에 경정을 청구할 수 있다. 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액( 각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손 금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손 금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 ②～⑤ (생략) ○ 법인세법 제57조 【외국 납부 세액공제 등】 ① 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국 법인세액(이하 이 조에서 "외국법인세액"이라 한다)을 납부하였 거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다. 1. 제55조에 따라 산출한 해당 사업연도의 법인세액 (토지등 양도소 득에 대한 법인세액과 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세액은 제외한다) 에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지 하는 비율 (「조세특례제한법」이나 그 밖의 법률에 따라 면제 되 거나 세액 감면을 적용받는 경우에는 대통령령으로 정하는 비 율) 을 곱하여 산출한 금액을 한도 (이하 이 조에서 "공제한도" 라 한다) 로 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법 2. 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법 ② 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 공제한도를 초 과하는 경우 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 이월 된 사업연도의 공제한도 범위에서 공제받을 수 있다. ③～ ⑦ (생략) ○ 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】 ① 이 법 및 다른 법률을 적용할 때 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 다음 각 호의 순서에 따른다. 이 경우 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법 인세액(토지등 양도소득에 대한 법인세, 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세 및 가산세는 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 본다. 1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액 감면(면제를 포함한다) 2. 이월공제(移越控除)가 인정되지 아니하는 세액공제 3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 사업연도 중에 발 생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공 제액을 먼저 공제한다. 4. 제58조의3에 따른 세액공제. 이 경우 해당 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다. ② (생략) ○ 법인세법 시행규칙 제50조 【감면 및 세액공제액의 계산】 법 제59조의 규정을 적용함에 있어서 법인이 법 또는 다른 법률에 의하여 제출한 법인세의 감면 또는 세액공제신청서에 기재된 소득금 액과 법 제66조의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장 또는 관할지방 국세 청장이 결정 또는 경정한 소득금액이 동일하지 아니한 경우 감 면 또는 세액공제의 기초가 될 소득금액은 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장이 결정 또는 경정한 금액에 의한다 . 다만, 「조세특례제한법」 제128조제2항 및 동조제3항의 규정이 적용되는 경우에는 그러하지 아니하다. ○ 징세과-389 , 2009.12.07 귀 질의의 경우, 과세관청이 각 세법에 의하여 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하고, 이에 대한 국세기본법상 불복청구기간이 경과 하여 결정 또는 경정처분이 확정되는 경우에는 「국세기본법」 제 45조의2 제1항의 경정청구대상이 되지 않는 것입니다. ○ 징세과-667 , 2011.07.05 귀 질의1)의 경우, 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 는 결정 또는 경정으로 인하여 증가되지 아니한 최초신고 및 수정신 고 한 국세의 과세표준 및 세액에 대하여 「국세기본법」(2010.12.29. 법률 제10405호로 개정된 것) 제45조의2 제1항에 따라 법정신고기 한 경과 후 3년 이내에 경정청구 할 수 있는 것입니다. ○ 심사법인2012-0040, 2012.10.22. 청구법인은 경정청구의 사유가 경정처분 사유와 다른 경우 법정신고기한 후 3년이내에 경정청구 할 수 있고 대법원 판결(2011두6844, 2011.6.24)에 의하여 퇴직급여충당금을 연구인력개발비 세액공제 대상으로 보고 있으므로 처분청의 경정청구 거부처분을 취소 하여야 한다고 주장하고 있으나 먼저, 경정청구에 대하여 살펴보 면 국세기본법 상 경정 등의 청구는 통상 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 할 수 있으나 예외적으로 각 세법에 따른 결정 또는 경정 이 있는 경우에는 90일 이내에 하도록 규정하고 있는 점 , 청구법인의 경우 경정청구의 내용이 건강보험료 등의 사용자 납입액 및 퇴직 급여충당금 적립액이 연구인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건 비에 해당되므로 환급해 달라는 경정청구인 점, 청구법인의 2008사업연 도에 대한 경정결정이 2010.1월에 있었으나 경정결정 내용에는 이건 경 정청구 내용인 건강보험료 등의 연구인력개발비 세액공제 내용 이 없는 점, 우리청 질의회신(징세과-389, 2009.12.7)에 의하면 경정결 정 사유와 다른 경정청구의 경우는 법정신고기한 경과 후 3년이내에 경정청구가 가능하다고 해석하고 있는 점 등으로 볼 때 이건의 경 정청구는 정당하다 할 것이므로 처분청의 거부처분은 취소함이 타 당하다고 판단된다. ○ 국심2006서1035, 2006.11.07. 국세기본법에 납세의무자의 권리에 대한 사후구제제도로서 경정청 구 제도보다 먼저 불복청구제도를 도입하고 불복청구기간(90일)을 경 정청구기간(3년)보다 단기의 불변기간으로 규정하고 있는 점, 과 세관청의 증액경정처분에 대하여 아무런 제한 없이 경정청구를 인정하게 되면 결국 경정청구기간보다 단기간인 불복청구기간이 이보다 장기간인 경정청구기간으로 연장되는 결과를 초래하여 서 로 다른 도입목적을 가진 양 제도의 기능이 중첩적으로 작용하 여 상호 충돌될 수 있는 점, 경정처분의 효력에 대하여 국세기본법 제 22조의 2 제1항을 신설(2002.12.18.)하여 “세법의 규정에 의하여 당 초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리・의무관계에 영향을 미치지 아니한 다” 고 규정하고 있는 점, 증액경정처분에 대하여는 불복청구제도를 통한 구제절차가 시행・정착된 후에 납세의무자 스스로 신고한 세액이 잘못 과다신고된 경우 등에 이를 시정할 수 있는 권리를 보장하기 위하여 경정청구제도가 도입된 점 등을 감안해 볼 때, 증액경정처 분이 있는 경우 경정후의 과세표준 및 세액 전액에 대하여 경정청구를 할 수 있는 당초 세액에 대하여만 경정청구를 할 수 있다고 할 것 이다(같은 뜻 : 국심2005서4430, 2006.9.14) . 따라서, 청구인의 경우 와 같이 처분청의 추가 세액고지시의 경정사유와는 별개의 사유에 의 하여 경정청구를 하는 경우 추가고지세액에 대하여는 불복청구 만 할 수 있을 뿐 경정청구를 할 수 없다하더라도, 당초 신고세액 15,840,400원에 대하여는 경정청구를 할 수 있는 것이고, 처분청에 서도 청구인이 주장한 비용 중 105,810,653원에 대해서는 그 발생사실을 인정하고 있으므로 이를 손비로 인정하되 당초 신고세액 15,840,400원의 범위내에서 세액을 감액하는 것이 타당하다. ○ 대법원2012두12822, 2014.06.26. 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세의무자에게 결정 이나 경정으로 인한 처분을 불복대상으로 삼아 하나의 불복절차에서 다 툴 수 있도록 한 것은 소송경제나 납세자의 권익보호를 위한 것 이지 납세자의 경정청구권을 제한하려는 것은 아니고, 당초의 신고 등에 관한 경정청구기간이 남아 있는 도중에 과세관청의 결정이나 경정 이 있다고 하여 납세자가 당초의 신고 등에 관하여 가지는 별개의 불 복수단인 경정청구권 행사가 제한된다고 보는 것도 불합리하며, 조세법률관계의 조속한 안정을 도모하고자 하는 개정 전 규정의 입법목적은 새로이 증가된 과세표준과 세액에 관한 경정청구권의 행사만을 제한하는 것으로 충분히 달성할 수 있다. 이러한 경정청구제도에 관한 국세기본법의 개정 경과와 경정청구 제도의 취지 및 관련 법리 등에 비추어 보면, 과세표준신고서를 법 정신고기한 내에 제출한 납세자가 그 후 이루어진 과세관청의 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 다 투지 아니하였더라도 3년의 경정청구기간 내에서는 당초 신고한 과세표준과 세액에 대한 경정청구권을 행사하는 데에는 아무런 영 향이 없다고 보아야 하며, 개정 전 규정에 의하여 경정청구기간 이 이의신청 등 기간으로 제한되는 ‘세법에 따른 결정 또는 경정이 있 는 경우’란 과세관청의 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액 부분만을 뜻한다고 할 것이다.